For en liste over tilgængelige shell-kommandoer, når du er logget ind med din SSH-klient, skal du skrive "hjælp". Hvis du gerne vil have detaljerede oplysninger om en af de listede kommandoer, skal du skrive <kommandonavn>, fx .: hjælp ls.

Nedenfor er en kort oversigt over nogle grundlæggende shell-kommandoer:
cd: Ændrer det aktuelle bibliotek, du befinder dig i. Brug "cd .." til at gå til det aktuelle biblioteks overordnede mappe.

help: Viser en liste over kommandoer, der er tilgængelige i den sikre shell.

ls: Viser indholdet af det aktuelle bibliotek.

man: Bruges til at vise dokumentationen (manualen) til en kommando, f.eks .: man mv.

mv: Denne kommando bruges til enten at flytte eller omdøbe filer.

pwd: Viser stien til det aktuelle bibliotek, du befinder dig i.

rm: Kort efter "fjern", denne kommando sletter en specificeret fil.

rmdir: Denne kommando bruges til at slette et helt bibliotek.

vi, pico: Dette er tekstredaktører, som giver dig mulighed for at ændre tekstfiler (såsom .txt- og .htm-filer) direkte på dit websted.